In the 7th century, Julius Caesar presented Cleopatra with “the world’s most beautiful necklace set with a ruby of inestimable value dubbed “The Crimson Heart”. The jewel then disappeared, stolen by someone, and seemed destined to fade into historical lore. When the necklace and jewel finally resurfaced in modern times, they were owned separately by two financial moguls, one from the east and one from the west: Pramuk, a Southeast Asian tycoon and king of a shady underworld, and Dawson, an aging British mogul and former thief himself who once stole with the Great Lupin. Both want each other’s heirloom to reunite The Crimson Heart’s two parts. Meanwhile, Interpol Inspector Zenigata hopes to make the bust of his life at the Dawson estate where the world’s top thieves have assembled to appoint a new leader to Dawson’s notorious robber syndicate called The Works. Among them is Lupin the Third. But Pramuk has other plans. He taps Lupin’s rival, Michael Lee, to assassinate Dawson and capture the necklace. Lupin responds by vowing to avenge Dawson and steal back the necklace by assembling his own elite team of thieves of Daisuke Jigen, Fujiko Mine and Goemon Ishikawa. They descend on The Ark, a remote and heavily-armed island fortress with an impregnable, state-of-the-art security system. Nevertheless, Lupin and friends won’t stop until they pry redemption and the world’s most coveted prize from Pramuk’s hands.

ユリウス・カエサルがクレオパトラ７世に贈った”世界で最も美しいジュエリー”
《光の首飾り》に《真紅のルビー》を埋め込んだ究極の宝物【クリムゾン・ハート】。
それはかつて何者かに盗み出され、以来、歴史の闇に消え去った。
そして現代。ルビーと首飾りそれぞれの所有者＝東洋・西洋を代表する２人の大富豪が互いの秘宝を狙い合っていた。
アジアの闇社会を牛耳るMr.プラムックと、かつて怪盗ルパンの相棒として名を馳せた老盗賊・ドーソン。
インターポールの銭形警部は、世界中の泥棒たちがドーソンの邸宅に集合するという情報を入手。 その場で大盗賊団＝ザ・ワークスの次期リーダーが発表されるという。次々集まる泥棒たちの中には、国際指名手配犯・ルパン三世の姿もあった。
この会合を狙ったプラムックは、ルパンをライバル視するマイケル・リーを操って、ドーソン暗殺に成功。 首飾りを手に入れて、ついに【クリムゾン・ハート】を完成させた。ドーソンの遺志を継ぎ、秘宝奪還を誓うルパンは、次元大介、峰不二子、石川五ェ門とともに、 絶海の孤島にある地雷原と武装兵によって守られる難攻不落の要塞型セキュリティシステムーその名も【方舟】（ジ・アーク）へと挑む。